Что ж делать, ставим вручную :
cd /usr/ports/databases/phpmyadmin
make
make install
/usr/local/ispmgr/sbin/pkgctl activate myadmin
chmod +r /usr/local/www/phpMyAdmin/config.inc.php
Есть такой баг, когда даже при отключенном php у домена ( через www домены ) php скрипты остаются обрабатываться через apache handler .
Фикс :
Удаляем из
nano /etc/mime.types
Строки
application/x-httpd-php phtml pht php
application/x-httpd-php-source phps
application/x-httpd-php3 php3
application/x-httpd-php3-preprocessed php3p
application/x-httpd-php4 php4