После апдейта отсутствует grub.cfg в /boot/grub/
После апдейта с Debian 5 на Debian 6 отсутствует конфиг обновленного граба. В большинстве случаев это не так критично, ведь сервер сможет загружаться и с menu.lst, но старый конфиг не поддерживает работу с GPT разделами.
Генерация grub.cfg :
update-grub